解:(1)設雙曲線E的方程為

,則B(-c,0),D(a,0),C(c,0).
由BD=3DC,得c+a=3(c-a),即c=2a.
∴

,解之得a=1,∴

.
∴雙曲線E的方程為

.
(2)設在x軸上存在定點G(t,0),使

.
設直線l的方程為x-m=ky,M(x
1,y
1),N(x
2,y
2).
由

,得y
1+λy
2=0.
即λ=-

①
∵

=(4,0),

=(x
1-t-λx
2+λt,y
1-λy
2)
∴x
1-t-λx
2+λt=0
∴x
1-t=λ(x
2-t)
即ky
1+m-t=λ(ky
2+m-t)②
①代入②得2ky
1y
2+(m-t)(y
1+y
2)=0③
把x=m+ky代入雙曲線,消去x可得(3k
2-1)y
2+6kmy+3(m
2-1)=0
∴y
1+y
2=

,y
1y
2=

代入③可得

-

=0
化簡可得kmt=k
當t=

時,上式恒成立
因此,在x軸上存在定點G(

,0),使

.
分析:(1)設雙曲線E的方程,利用BD=3DC,△ABC的周長為12,建立方程,即可求得雙曲線的方程;
(2)對于存在性問題,可先假設存在,即假設在x軸上存在定點G(t,0),再利用根與系數(shù)的關系,求出t的值,若出現(xiàn)矛盾,則說明假設不成立,即不存在;否則存在.
點評:本題主要考查直線與圓錐曲線的綜合問題、向量的運算、雙曲線方程等基礎知識,考查運算求解能力、化歸與轉化思想.屬于中檔題.